Jenis jamur yang tumbuh pada tempe terdiri dari : Rhizopus oligosporus, R. oryzae, R. arrhizus dan Mucor rouxii (tempe daerah Malang dan sekitarnya) atau R. oryzae dan R.  stolonifer (tempe daerah Solo dan sekitarnya). Sedangkan pada tempe dari daerah Jakarta kapangnya adalah Mucor javanicus, Trichosporum pullulans dan Fusarium sp.

Bberapa jenis jamur yang terdapat dalam ragi adalah  Chlamydomucor oryzae, Rhizopus oryzae, Mucor sp., Candida sp., Saccharomyces cerevicae, Saccharomyces verdomanii.